蛋白纯化过程中常遇见一些问题，这里整理了下几个蛋白纯化实验中的遇见的问题及其解决方式。
1现在有个融合蛋白，纯化的时候用助溶剂溶解后做了GST亲和层析，之后用蛋白酶切割后却发现目的蛋白没有活性。
请问有哪些可能会出现这种原因?怎么解决?测过基因序列，没有问题。细胞破碎后，融合蛋白在沉淀里，用助溶剂提取后，可以用GST做亲和层析，但效率只有50～60%左右。洗脱完融合蛋白不需要助溶剂，但这样的条件下切割完后目的蛋白会沉淀，用0.5%CHAPS助溶可勉强溶解部分，目的蛋白疏水性比较强。
既然是疏水性很强你可以加点甘油或者乙二醇降低极性，这样溶解就会好得多，此外也直接加2%的PEG这样也降低极性，同时保护蛋白，再做纯化就可以了，以前遇到这样的蛋白是用10%的乙醇加3-5%的PEG，这样的情况下蛋白还是活性回收率很高，那些表面活性剂能不用还是不用的好，失去活性可以监测一下提取，纯化，酶切到底哪里失去了活性，这样更容易解决你的问题。还有注意缓冲液PH值，看看改变它对溶解度有没有影响。蛋白有沉淀那可以稍微把蛋白的浓度降低点，这也是个办法。
2请问有没有合成过配体为FMN的亲和胶?
亲和的填料合成过20来种，用它来纯化某种脱氢酶吗，FMN可偶联的有限，倒是FAD有活泼的氨基好偶联，何况它们几乎是同一个辅酶，是不是考虑把FAD连上去。当然FMN的结构上也有个仲胺，可以偶联到带长手臂的环氧活化的填料上，而溴化氰活化或别的活化的介质都不大好，因此这个没有什么问题。
此外如果是以FMN为辅酶的，那还建议试试蓝色琼脂糖凝胶，因为它的配基的结构和FMN的三个环很相似，它能纯化不少脱氢酶和激酶。
现在一般要自己合成亲和填料，有很多公司都提供活化好的介质，自己偶联就可以，其中比较常用的有溴化氰琼脂糖凝胶，环氧琼脂糖凝胶，氨基琼脂糖凝胶，羧基琼脂糖凝胶，活化酯琼脂糖凝胶，以及巯基琼脂糖凝胶等，但是如果是小分子的配基zui好选择有3-10碳作为手臂的活化介质为好，此外也曾经有文献报导固定辅酶时，偶联位置不同，选择性有差别，因此可以选择自己适合的活化介质。
不同的活化的介质对偶联的配基有不同的要求，所以要对自己的配基了解比较清楚就可以选择合适的活化介质。
一般在合成的时候大多选择环氧琼脂糖凝胶，它能应用的范围广氨基巯基羟基都可以，而且合成的介质刚性好，非特异吸附少，所以不需要特殊处理未反应基团。此外键合的键很稳定，配基脱落少。是不错的选择。
包涵体的蛋白复性做得不多，但是最管用的办法也是最简单的方法，在复性的时候尽量别想什么太高难的技术，常用的有透析复性，稀释复性，包括国外的专家也这么说。有时候开始摸不出来未必就是方法不行，关键要经常改变条件。
层析复性很时髦，但是真正能用的不很多，蛋白这东西难就在于大多都不相同，所以关键要多看文献，多琢磨自己蛋白的特性，多尝试。
3SephadexG-25(medium)柱脱盐时，盐浓度太高对柱效有影响吗?若有，一般对盐浓度限度如何?
除盐对于浓度应该也是有一定的限制的，同样的样品盐浓度高的自然要比浓度低的要在柱子上走的峰要宽些，相对需要的柱子的分辨率也要高点，但是在正常的范围如1-2M应该影响不大，不过要除得很干净还是尽量少上点样品，上样的体积毕竟比浓度的影响更大。
4蛋白17kd左右，能跟肝素亲和，一般用离子交换和亲和层析纯化，现在用聚乙二醇修饰它，分子量增加左右，修饰率不可能达到%，请问修饰后能用什么纯化方法可以把修饰的和未经修饰的分开?(当然修饰后还残留有聚乙二醇，这个小分子也要除掉)
大多用凝胶过滤，这也不错的做法，毕竟PEG是链状的分子，在柱子上和普通蛋白行为不一样，修饰度越高那么出峰也越后，因此蛋白选择sephadexG50试试，它的范围在0-，应该是不错的选择。此外PEG是个疏水性的链，修饰后的蛋白疏水性增强，修饰度越高，疏水性越强，可以用这个原理分离。离子交换也可以选择，因为同样道理，修饰度越高，电荷被屏蔽也越多，电荷也越少，因此应该修饰度越高越先出。亲和也离子交换一样的道理，你可以试试，手头的亲和能不能分开，在这几个方法里选择看哪个更经济好用就可以。
5有个问题，从细菌中提取酶，好象用常规的方法(超声波破壁，缓冲液提取)，总是拿不到我要的蛋白。是不是这种蛋白也是疏岁水性较强，需要加助溶剂才能提取出来?另外，是不是也可以加点甘油或者PEG来提取?
其实这个问题，既然是提取那肯定是有沉淀和上清，目标蛋白的分子量是应该知道的，那么跑电泳先看它到底是在上清还是沉淀里，剩下的问题你再解决如何提取。
对于不同的酶要看酶稳定如何，可以用不同的PH去提取，曾经提取一个酶用水就是提取不出来，需要用盐才能提取出来，多试试，设计个方案，这样才能解决问题，所以不一定加甘油就管用，还得注意破碎本身会不会有问题，倒回去做做也许能找到真正的原因。
6HPLC是用来分析检测or分离纯化?
如果可以用来纯化，上样量那么小有什么意义呢?
如果是用来分析检测，怎样指导以后的分离纯化工作呢?
HPLC既可以做分析也可以做制备，纯化上样量小，这样分离效果好，就可能得到很纯的物质，同时配合质谱等就何以得到很多单一蛋白的特性包括序列等，这些纯度高的组分是用一般的纯化方法做不到的。HPLC重现性好，定量准确，所以也可以用于定量和定性，是分析中不可缺少的工具。
分析出来后如果这个物质很稳定，直接线性放大就可以做大规模的制备，因此摸好了分析的条件也就相应有了制备的条件。
