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关于基因合成的
十问十答
上海捷瑞生物工程有限公司
作为老牌基因合成公司，捷瑞公司在多年的服务过程中积累了若干常见化学基因合成过程中大家经常会提到的问题，今天我们以问答的形式，回答大家比较关心的也是比较常见的一些问题
01
什么是基因的复杂基因
1-1低GC含量序列：低GC含量的基因序列一般是指全长GC含量低于20%的基因，或bp以内GC含量少于10%的序列；一般低GC序列都可以合成并可通过测序验证。
1-2高GC含量：高GC序列一般是指GC含量高于70%的序列或bp以内GC含量高于80%的序列；与低GC序列不同，高GC序列难于测序。
1-3反义互补重复序列：由于此类结构序列也不易于测序。
捷瑞公司经过多年的实践，对上述几类基因都有特殊的合成及测序方法。
02
客户收到的基因为什么质粒切不动，或切不全?
可能原因如下：
(1)质粒上酶识别序列不正确或者没有；
(2)酶切反应条件不合适；
(3)限制性内切酶对DNA甲基化敏感；
(4)内切酶稀释不正确或加入方法不正确；
(5)甘油浓度过高；
(6)限制性内切酶已部分或全部失活；
(7)保护碱基引入导致侧翼链锁死酶切位点。
对策：
(1)检查质粒DNA中是否存在可被限制酶识别的DNA序列。
(2)优化酶反应体系，使用随酶提供的反应缓冲液；增大酶量或更换新酶。
(3)检查DNA是否已被甲基化，所用的酶是否对甲基化敏感。
(4)更换保护碱基，或PCR扩增目的片段，酶切PCR产物。
03
化学合成基因的方法有哪些?
(1)全基因合成：一般对于分子较小而又不易得到的基因采用该方式。可将双链基因分成若干寡核苷酸单链片段(尤其待合成基因在个核苷酸以上时)，每个片段长度控制在40～60个碱基，并使每对相邻互补的片段之间有大于6bp交叉重叠。在体外将所有对应的片段混合经PCR反应即可拼接得到较长的基因片段。采用分步连接、亚克隆的方法时，最后将亚克隆的较大片段重组为完整的基因。为便于亚克隆中回收基因片段，应在片段两侧设计合适的酶切位点；由于每个亚克隆可以分别鉴定，从而可减少顺序错误的可能性。
(2)酶促合成：此法又称基因的半合成法。全基因合成，特别是较大的基因的全部化学合成成本昂贵，使用半合成的方法可以降低成本，从而利于普及使用。首先合成末端之间有10～14个互补碱基的寡核苷酸片段，退火后以重叠区作为引物，在4种dNTP存在的条件下，通过DNA聚合酶或反转录酶的作用，获得两条完整的互补双链。合成基因的结构应包括有克隆和表达所需要的全部信号及DNA顺序，基因密码子的阅读框架也应该同表达体系相适应。此外，由于不同物种的密码子使用偏好性，在基因合成和克隆时必须考虑这个问题。可通过密码子优化获得高效表达。
04
在捷瑞公司合成的基因有长度限制吗？
捷瑞公司可以合成任何长度的基因。
05密码子优化有必要吗？
有必要。不同来源的种属密码子的偏好性不同。比如，在人体内受偏爱的密码子对于E.coli来说可能是稀有的。捷瑞公司已经为国内外客户优化了大量的基因，有自主研发的专业软件。可免费为客户提供密码子优化服务。
06捷瑞公司的标准免费克隆载体是什么？
(1)克隆载体：比如pGH，pGE，pBSK等常规克隆载体免费
(2)对于表达载体：基因合成金额：元免费克隆一个载体；元，收取元亚克隆费
07
为什么基因合成的费用比引物合成高的多?
基因合成包括一个完整的流程：序列分析、优化、引物设计与合成、引物拼接与PCR扩增，PCR产物的T/A克隆，测序筛选，点突变修复、发货准备等一整套服务，而引物合成只是基因合成工作中的一小部分。
08
基因合成必须要提供基因序列吗?
是的。您必须提供aminoacid序列或者DNA序列。我们只根据您提供的序列进行基因合成，可以提供免费密码子优化。
09质量如何保证?时间如何保证?
所有在捷瑞公司合成的基因，都经过%测序验证。捷瑞公司基因部拥有独立的分子生物学实验平台；本公司引物合成部、测序部，分子生物学试剂盒部，是基因合成部的根本保障。基因部主管拥有十年以上专业合成基因的工作经验，基因合成的工作团队均经过专业、严格的培训，能保证所承接项目顺利进行。
10
客户提供样品做相关服务时，送样要求有哪些？
质粒样品，可以是穿刺菌、甘油菌、冻干质粒或质粒溶液等形式。
(1)穿刺菌：请提供穿刺培养的单克隆菌落。穿刺培养的菌可以长时间保存而不会导致质粒的拷贝数明显下降。样品请在1.5ml或2ml的Eppendorf管中加入相应抗生素的固体LB培养基，然后将单菌落用牙签穿刺于LB固体培养基中。
(2)菌液：请将过夜培养的菌液加灭菌甘油至终浓度20%保存于1.5ml或2ml的Eppendorf管中，注意封口，以免污染。
(3)质粒：请提供3-5ug溶于无菌去离子水的质粒溶液或者抽干质粒。
(4)注意：
a.请将装有样品的Eppendorf管口用封口膜封紧，防止运输途中开盖导致样品污染或者丢失。
b.请在管壁上注明质粒名称及抗性。
c.载体其他信息请以邮件或便签等形式告知。
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