X-Gal在β-半乳糖苷酶的催化下水解成蓝色，因此常用于转基因筛选测试，例如蓝点和白点筛选或β-半乳糖苷酶原位染色检测实验，在蓝点和白点测试中，可以根据菌落的颜色简单地选择转化子。X-Gal是β-半乳糖苷酶的底物，水解后呈蓝色。基于此功能，当以lacZ缺陷型细胞为宿主转化pUC系列载体DNA（或其他带有lacZ基因的载体DNA）时，或者当用X13Gal和IPTG进行M13噬菌体载体DNA转染时，由于αβ-半乳糖苷酶的互补性可以根据是否存在白色菌落（或噬菌斑）轻松选择基因重组体。