多甲川菁染料大多属于近红外荧光染料它们的吸收和发射光谱区位于-nm处,在这个光谱区域，玻璃、聚丙烯酰胺凝胶基质和生物化学杂质的荧光背景都很弱，信噪比很高，而且它们有着很高的摩尔吸光系数和良好的荧光特性，因此荧光检测的灵敏度很高。
为了提高染料自身的光物理化学性能，使其适用于特定应用领域；经常使用向荧光分子或材料中引入光性能以外的其他性能，得到新型的多功能材料。
那么在众多花菁染料中，如CY3maleimide、Sulfo-CY7maleimide、、Sulfo-CY3NHSester、CY5NHSester、CY5.5NHSester、Sulfo-CY7NHSester、CY5COOH、Sulfo-CY5COOH、CY7amine、Sulfo-CY7amine等等。
想要用不同的活性基团的Cyanine菁染料和相应的活性基团的生物分子或小分子药物发生反应，链接到一起，根据需要标记的抗原、抗体、酶、多肽等分子所带的可标记基团的种类（氨基、醛基或巯基）以及分子的酸碱性，如何选择相应的活化染料来进行标记呢？？
常见抗体、抗原、酶、多肽对应的染料活化基团如下：
1.标记氨基的活化基团：NHSester(N-羟基丁二酰亚胺酯)。
2.标记醛基的活化基团：Hydrazide酰肼。
3.标记巯基的活化基团：Maleimide，马来酰亚胺
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