随着中国科研的发展，有限的超算中心和自建计算集群的方式已无法满足超算用户计算业务和创新的需要，特别对降低超算总体拥有成本，无需排队获取资源，弹性规模，软件开箱即用和安全运维等核心需求，云上超算是唯一解决之道。
今天，将为大家介绍如何在北鲲云超算平台上快速完成动力学模拟计算，模拟溶菌酶（lysozyme）在水相中的结构变化。北鲲云超算平台是前段时间小伙伴安利的，经过一段时间测试，效果还不错。只需要一台上网本就可以在短时间内完成动力学模拟所有内容，而且还预装了Gromacs在内的+应用软件，实现了开箱即用，非常的灵活便捷。接下来，就正式进入今天的主题。
水中的溶菌酶
01
结构处理
溶菌酶又称胞壁质酶或N-乙酰胞壁质聚糖水解酶，是一种能水解细菌中黏多糖的碱性酶。溶菌酶还可与带负电荷的病毒蛋白直接结合，与DNA、RNA、脱辅基蛋白形成复合体，使病毒失活。这里我们从PDB数据库下载溶菌酶蛋白质三维结构，编号为1AKI，或则利用PyMOL直接从命令行获取三维结构，然后利用PyMOL检查结构，是否缺失，并且删除除开蛋白质外的杂原子和水分子，并保存为protein.pdb文件。
fetch1AKI
02
将输入文件上传到北鲲云超算平台
打开北鲲云超算平台，注册登录后在/home/cloudam/jobs下新建文件夹Lysozyme，将准备好的protein.pdb文件直接拖拽到该文件中，即可完成上传。上传文件和下载文件都可以利用sftp非常方便完成。
除了命令行，北鲲云还有可视化和图形界面作业提交方式。可视化无需代码，比较适合无计算机专业背景的同学，图形界面适合于单节点小规模计算任务。这两种作业提交方式大家就自行体验吧（北鲲云针对新用户有赠送元体验金的活动，大家可以