背景说明
真核生物基因的转录起始需转录因子参与,转录因子通常由一个DNA特异性结合域和一个或多个其他调控蛋白相互作用的激活域组成,即DNA结合结构域(DNA—bindingdomain,BD)和转录激活结构域(Activatingdomain,AD)。用于酵母单杂交系统的酵母GAL4蛋白是一种典型的转录因子,GAL4的DNA结合结构域靠近羧基端,含有几个锌指结构,可激活酵母半乳糖苷酶的上游激活位点(UAS),而转录激活结构域可与RNA聚合酶或转录因子TFHD相互作用,提高RNA聚合酶的活性。在这一过程中,DNA结合结构域和转录激活结构域可完全独立地发挥作用。据此,我们可将GAL4的DNA结合结构域置换为文库蛋白编码基因,只要其表达的蛋白能与目的基因相互作用,同样可通过转录激活结构域激活RNA聚合酶,启动下游报告基因的转录。
图酵母单杂原理
迄今为止,应用酵母单杂交体系已经识别并验证了许多与目的DNA序列结合的蛋白质,同时单杂交技术还被应用于识别金属反应结合因子。正向与反向单杂交体系的结合,还可用于筛选阻碍DNA与蛋白质相互作用的突变的单个核苷酸。
服务流程
酵母单杂交点对点验证的实验流程1、pBait-AbAi质粒及Bait酵母菌株构建;2、测试Bait菌株的AbAr表达水平,并确定最低AbA生长抑制浓度;3、pGADT7-Prey质粒转化Bait菌株,并用高于最低AbA生长抑制浓度的AbA平板筛选;4、实验数据与报告整理。
服务内容及说明
适用场景
1、确定已知DNA—蛋白质之间是否存在相互作用;2、分离结合于目的顺式调控元件或其他短DNA结合位点蛋白的新基因;3、定位已经证实的具有相互作用的DNA结合蛋白的DNA结合结构域,以及准确定位与蛋白结合的核酸序列。
酵母单杂交技术的优点
1、酵母单杂交体系能在一个实验过程中识别与DNA特异结合的蛋白质,同时可直接从基因文库中找到编码蛋白的DNA序列,而无需分离纯化蛋白,实验简单易行。2、由于酵母单杂交体系检测到的与DNA结合的蛋白质处于自然构象,克服了体外研究时蛋白质通常处于非自然构象的缺点,因而具有很高的灵敏性。3、目前,多种酵母单杂交体系的试剂盒和相应的cDNA文库已经商品化,为酵母单杂交体系的使用提供了有利的条件。
酵母单杂交技术的缺点
1、有时由于插入的靶元件与酵母内源转录激活因子可能发生相互作用,或插入的靶元件不需要转录激活因子就可以激活报告基因的转录,因此往往产生假阳性结果。2、如果酵母表达的AD融合蛋白对细胞有毒性,或融合蛋白在宿主细胞内不能稳定地表达,或融合蛋白发生错误折叠,或者不能定位于酵母细胞核内,以及融合的GAL4AD封闭了蛋白质上与DNA相互作用的位点,则都可能干扰AD融合蛋白结合于靶元件的能力,从而产生假阴性结果。因此,为了得到较准确的结果一般都会和其它的验证方法一起结合使用。
实验周期
酵母单杂交点对点验证约30天;酵母单杂交文库筛选约3个月
对于酵母单杂点对点验证包括:
1、Bait质粒与Prey质粒相关序列信息;2、尽可能丰富的相关资料、文献。
对于酵母单杂筛库包括:
1、Bait质粒与库的相关信息;2、尽可能丰富的相关资料、文献。
实验信息
实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户,并发送实验报告查看网址。实验结题后,实验报告、检测结果可在线查看或打印,并永久保留。
结题标准
阳性对照在在SD-Leu+AbA平板上可以正常长出菌斑以及阴性对照未长菌斑。
实验交付内容
1、重组载体的全序列信息和注释信息;2、重组载体的酶切图谱;3、重组载体的测序结果;4、重组载体:一份质粒、一份大肠杆菌菌液(25%甘油菌);(上述4点是客户需要构建载体。)5、实验图片:SD-Leu菌板图片,SD-Leu+AbA菌板图片6、实验报告。
文献举例
撰写文章时,该实验可引用以下参考文献FieldsS,SongO.Anovelgeneticsystemtodetectprotein-proteininteractions.Nature.;():-.YangG,ChaoD,MingZ,etal.ASimpleMethodtoDetecttheInhibitionofTranscriptionFactor-DNABindingDuetoProtein-ProteinInteractionsInVivo.Genes(Basel).;10(9):.