目前，可利用的芽孢杆菌有：枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、芽孢乳杆菌、丁酸梭菌等。
有些细菌（多为杆菌）在一定条件下，细胞质高度浓缩脱水所形成的一种抗逆性很强的球形或椭圆形的休眠体。1个细菌细胞只形成1个芽孢，有的在细胞一端，有的在细胞中部。由于芽孢是在细胞内形成的，所以也常称之为内生孢子，亦称芽孢。每一个细胞仅形成一个芽孢，所以其没有繁殖功能。芽孢的形态在不同细菌中，芽孢所处的位置不同，有的在中部，有的在偏端，有的在顶端。
芽孢一般呈圆形、椭圆形、圆柱形。在有些细菌中，芽孢的直径小于菌体直径，这些细菌称为芽孢杆菌，为好氧细菌；在另一些细菌中，芽孢直径大于菌体直径，使整个菌体呈梭形或鼓塑形，这些细菌称为梭状芽孢杆菌，为厌氧菌。
芽孢杆菌作用机理（1）保湿性强：形成强度极为优良的天然材料聚麸胺酸，为土壤的保护膜，防止肥及水分流失。
（2）有机质分解力强：增殖的同时，会释出高活性的分解酵素，将难分解的大分子物质分解成可利用的小分子物质。
（）产生丰富的代谢生成物：合成多种有机酸、酶、生理活性等物质，及其它多种容易被利用的养分。
（4）抑菌、灭害力强：具有占据空间优势，抑制有害菌、病原菌等有害微生物的生长繁殖。
（5）除臭：可以分解产生恶臭气体的有机物质、有机硫化物、有机氮等，大大改善场所的环境。
芽孢杆菌功能作用去碳功能
养殖池内的悬浮固体及沉积物严重破坏水环境，引致动物患病。芽孢杆菌可以通过其酶的作用分解悬浮物和沉积物，从而维持水生生态环境的平衡。
去氮、去硫功能
过量的N、P排入城市水体环境引起公共池塘富营养化，在池塘内易形成对水产动物有毒性的氨氮、硫化氢，影响进行动物的生长，甚至导致死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶，分解氮系、硫系污染物,净化养殖污染水体。
絮凝作用
芽孢杆菌的絮凝效果很好，复合芽孢杆菌的絮凝效果优于单一芽孢杆菌。这种絮凝作用能使水体中的有机碎屑粘附在一起形成细菌胶束，承担氧化和分解的任务，将有机物结合起来形成絮凝作用，使重金属离子和磷元素沉淀、水净化。
硝化作用
在芽孢杆菌的作用下，硝酸盐会被亚硝酸盐、一氧化氮和一氧化二氮还原成氮，即芽孢杆菌是需氧和具有兼性厌氧菌的，以分子氧为载体，而硝酸盐则可作为最终的电子载体，在氧气供应不足的时间和空间内产生氮氧化和氮气。硝酸盐可以反硝化出系统，以提高pH值。
一般来说，芽孢杆菌对碳系、氮系、磷系、硫系污染物的分解能力很强，对蛋白质、复合多糖、水溶性有机物的分解能力也很强!