作者:LinskyT1,2,NobleK3,TobinA3,CrowR4,LaurenCarter2,UrbauerJ5,BakerD1,2,6,StrauchEM3,7#
本文解读作者:吴炜坤
这个思路其实在年的RosettaCon上就做过了视频演示，没想到拖到年了，而且最近还看漏了。。那就补一发吧，感叹最近BakerLab小蛋白设计更新5连击。
一、背景:
蓝图文件系统是Rosetta生成指定折叠结构的核心方法，该系统从年开始就被成功地应用于多种小蛋白结构的生成和设计，其中就曾发现过自然界中未见的折叠模式，如TOP7，以及本文中展示的F2和F4折叠。这些迷你蛋白结构已经被BakerLab大量用于设计迷你药物、疫苗、检测试剂、2D纳米材料以及酶骨架等。
目前使用蓝图系统的方法都是极度依赖于人工经验判断而撰写的蓝图文件，需要定义每段二级结构的长度、类型以及二级结构之间的链接关系。Koga以及Yu-Ru等，在年前后提出了ββ-unit，βα-unit，αβ-unit长度规则以及loop的ABEGO二面角分布规则共同来控制蛋白质折叠的局部二级结构。今年Koga最新发表了关于控制αβ蛋白折叠模式的研究，这研究表明之前提出的规则非常有利于缓解二级结构之间的张力，但仅凭这些规则又是不足以控制蛋白质整体的折叠的，全局的折叠模式的张力也需要给与足够的