例如，酶切对应于人低密度脂蛋白受体的过量的单链DNA探针，需要核酸酶S1达到U/mL可完成完全酶切，而绿豆核酸酶只需要10U/mL即可达到相同的结果。绿豆核酸酶的一个缺点是在单位碱基上的花费比核酸酶Sl贵20倍。
方案16提供了用均一标记单链DNA进行mRNA核酸酶S1作图的方法。核糖核酸酶保护分析通常用于测量特异性mRNA的丰度以及对其拓扑异构特征作图。
这种方法包括待测RNA与互补的放射标记的RNA探针(核糖核酸探针)杂交，随后未杂交的序列用一种或几种单链特异性的核糖核酸酶消化。
消化反应进行到最后阶段时，灭活核糖核酸酶，被保护的、放射性标记的RNA片段可以通过聚丙烯酰铵凝胶电泳和放射自显影进行分析。
如用核酸酶S1保护分析(见图6-10)，可以给出被保护片段大小的特征图谱，如内含子与外显子的边界以及转录起始与终止位点(图6-12)。
但是对图谱数据的分析并不总是容易和明确的。例如，在分析待测RNA与来自克隆的基因组DNA片段转录的核糖核酸探针形成的保护片段时，并不总是能区分位于mRNA5端的剪接点和mRNA的真实5端。
因此，只要可能，需要利用独立的技术[如引物延伸(本章方案18)，或5-RACE(第7章，方案9)]来证实。
图6-12利用放射性标记RNA探针和RNase对mRNA作图。从一个基因组DNA的克隆拷贝体外合成放射性标记RNA(步骤A~C),并与未标记的待测mRNA杂交(步骤D)。