一项将新的“大数据”信息学工具与基础生物学结合起来的合作研究揭示了一个重要的生命过程:一种关键酶如何定位在DNA上指导RNA合成的位置。这项发现有助于发现新的抗菌剂,而且为了这项研究所开发的新技术方法也对有助于阐明其他的关键细胞过程。
医院(CHOP)的生物信息小组与美国罗格斯大学的研究人员合作开展的这项研究发表在《Science》上。
医院的DeanneM.Taylor博士说:“我们开发的算法可以帮助解决很多DNA和RNA方面的生物学问题。对这些基本过程的了解可以帮助开发出抗菌疗法以应对细菌类疾病。”Taylor的研究合作伙伴有生物学家BryceNickels博士和化学家RichardEbright博士,这二位都来自罗格斯大学。
这项研究主要
特别地,研究人员在对细菌的研究中发现,在RNA聚合酶绑定DNA并且开始部分地解开DNA双螺旋结构时,它会继续解开这两条螺旋结构,将未卷绕的DNA链放入自身,直到它到达转录起始点(TSS)。研究人员将这个过程称为“DNA弯曲(DNAscrunching)”,即解开DNA并将DNA链放入RNA聚合酶。Nickels指出:“在30年前科学家们已经知转录起始点会变化,但是一直不知道它的机制。”
为了在TSS选择过程中检测DNA弯曲,研究人员们开发了新型的强有力的实验方法,称为MASTER和MASTER-XL。MASTER是“大规模系统性转录目标读取(massivelysystematictranscriptendreadout)”的简称。
MASTER-XL是将MASTER技术和在蛋白质特定位置上的交联引入的人工氨基酸相结合以实现DNA上的位置的交叉链接。通过使用高通量算法,该研究小组可以精确并快速地确定上百万不同DNA序列的交联位置,每个DNA都有不同的TSS区域。在每个DNA序列中,研究小组都识别出TSS位置以及RNA聚合酶的起始位置。
YuanchaoZhang是Taylor的实验室中的一名研究生,他和Taylor一起开发出大数据算法以分析MASTER和MASTER-XL实验中的测序数据输出。Taylor说:“我们的算法可以快速处理数百万的DNA和RNA序列读取。”
这种快速测序法,加上先进的生物化学方法,揭示了DNA弯曲在转录过程中如何实现。RNA聚合酶的首端会随着TSS位置的变化而变化,但是RNA聚合酶的尾端仍保持在相同的位置。这就会引起DNA弯曲:DNA仍然固定在RNA聚合酶的尾部,但是RNA聚合酶解开相邻的DNA并将解开的DNA拉入到自身中,直到定位了新的TSS。
Ebright说:“我们的方法的主要特征是,将蛋白质-DNA交联技术和下一代DNA测序技术相结合。这使得我们可以对上百万的不同DNA序列进行交联研究,并且只需要与过去对一个DNA序列进行交联研究的时间。这种在吞吐量上数百万级别的增长使得我们可以解决很多以前无法解决的生物问题。”
CHOP和罗格斯大学的合作人员们正在研究高等生物的转录过程,分析在TSS选择时是否发生DNA弯曲,如果发生的话,又与细菌中的过程有何不同。研究人员还希望利用MASTER和MASTER-XL技术分析其他的基础细胞过程,比如DNA复制。
本
关于乐队的记忆,总是与疯狂,自由,奔放之类的词汇紧紧联系在一起。
而在长理,有这样五个男生。他们永远年轻,永远热爱,永远热泪盈眶,永远追逐梦想。
他们就像棱镜一样,只要有一束光,就会折射出缤纷的色彩。他们的每一句歌词,每一段旋律都在表达最真诚的自我。
活性酶乐队
主唱罗旭
吉他手皮皮
音乐是一切发生的理由
生活里每天都在发生着相遇,并不是每一段相遇都会发生故事。缘分是个多奇妙的东西,它在对的时间,对的地点把对的人送到他们的身边。
在问到他们怎么认识的时候,我听了一大堆错综复杂的关系,他认识他他又认识他的故事,的确让我比较懵。“反正就是聊着聊着就聊到一起了。”
音乐是唯一能串通每种语言的另一种语言
——贝斯手阿里木
“皮皮和阿里木在排练室排练,我和老杨在旁边看,聊着就发现老杨和阿里木都是新疆哈密人,我又是北方人,特别能唠,三个人很快熟络起来,之后皮皮也加入进来。”
“第二天我提议要不要一起玩儿一下,我们排了一次,大家都很满意,就是那种一拍即合感觉。”卷卷回忆道。
其实不管谁认识谁城南的认识能动的,打鼓的认识唱歌的,终究还是热爱音乐的认识了热爱音乐的。
一个人的音乐永远没有一个团队的音乐感人,乐队带给我的归属感是一个人
——吉他手皮皮
他们每个人对未来有着不同的构想,他们喜欢的音乐风格也不尽相同。可是这并不妨碍他们都回应了音乐的召唤,在这样一个集体里寻找自己的定位与归属感。
他们说这支乐队的“核心文化就是没有核心文化,风格就是没有特定的风格。”
我渐渐觉得我没有必要在采访中非要去挖掘他们的共同之处,寻找把这个团队捏合在一起的核心元素。
活性酶乐队
贝斯手阿里木
吉他手老杨
如果非要找一些核心的东西来把所有的多样性凝聚成为一个整体,对于他们而言,这种核心就是音乐。
刚入大学的他们,谁都不知道在并不遥远的未来他们会一起组建一个乐队叫活性酶。那时他们的生活轨迹并没有太多交汇。
但许多时候命运的暗涌伏线已经在开始交织了,或许从他们接触音乐开始,就注定他们会走到一起。
毕竟从一开始,音乐就是这一切发生的理由。
鼓手卷卷
因为热爱,所以坚持
没有音乐的人生
将是一场错误
我问卷卷为什么会坚持打鼓这么长的时间
“就是喜欢啊,很简单。”
我不知道几个扛着吉他贝斯手握话筒的人,是如何把观众带入雨林沧海暮云溟涧。
我只知道玩音乐的人,一定是疯狂而又快乐的,在音乐这条道路上坚持梦想的人,一定是勇敢而又执着的。
打鼓是卷卷一直以来的坚持,架子鼓陪伴他走过了十一个年头,“我不敢想象如果没有鼓,我的生活会是什么样子。”鼓已经成为他生命中的一部分。
“我记得小的时候走到琴行门口,看到有一套鼓,当时很新奇,没学过这个乐器。我就走进去往鼓凳上一坐,感觉就不一样,后来就开始学打鼓,一直打到现在。”
其实这就跟谈恋爱一样没有所谓的保质期,要学会给这些枯燥的练习和排练找到属于自己的小惊喜。
——鼓手卷卷
玩乐队的人很难以接触吗
正式采访他们乐队时,大家都有点拘谨,和陌生人第一次见面一样,对突然冒出来的Summer也有一丝丝防备。
但聊天后发现,他们并不是那么难相处。褪去了舞台上的锋芒,他们和普通人一样爱开玩笑,脸上会挂着笑容跟人打招呼。
“其实我们都是普通人,我不希望大家用特殊的眼光来看待我们,或许别人看我们有点遥不可及……但我们和大家都一样,会去食堂吃饭,会喝一点点,也会渴望很普通的恋爱,情侣日常会做的我们也会做”卷卷说这话的时候露出无奈的神情。
对于世界,我们还年轻,更想直抒胸臆
——活性酶乐队
“并不是我们玩音乐,我们就有多了不起多不一样,每个人都有自己热爱的东西,恰好我热爱的是音乐,是打鼓。我享受在舞台上的感觉,也乐衷于幕后的工作。“
玩音乐的也是普通人,只是舞台给了他们展示的机会
“我依稀记得上次卷卷去给一个核重金属的乐队打鼓我听demo的时候以为他们都是留着长发打着耳钉穿着很炫酷的人,结果我真正见到他们的时候就是几个穿着不华丽的中年人当时的反差真是太大了”皮皮感慨而言。
音乐没有国界没有阶层上到中科院院士下到博物馆管理员全民参与一直是他们比较渴望的,简单不低俗。
编辑/舒雯雯
责编/大倩倩
配图/韦薇树与音乐社
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