往期内容回顾：
RNA甲基化修饰（1）——m6A概念
重磅前沿
RNA甲基化修饰（2）——如何检测m6A
重磅前沿
史上最详细RNA甲基化套路解读
m6A调节果蝇性别分化和神经功能
Nature：m6A调控miRNA初级体识别加工
RNA甲基化套路解读
RNA甲基化套路解读三：m6A识别酶HNRNPA2B1介导RNA加工-客户文章
论文标题：FTOPlaysanOncogenicRoleinAcuteMyeloidLeukemiaasaN6-Methyladenosin
刊登日期：年01月
发表杂志：CancerCell
影响因子：27.4
摘要已知m6A甲基化修饰在哺乳动物的mRNA中普遍存在。近几年关于m6A机制的论文较多，而关于癌症的研究仍然较少。本文对去甲基化酶FTO做了深入的研究。结果表明FTO对急性骨髓白血病（AML）有致癌作用，且显著高表达，加重病情恶化。FTO能够诱发原癌基因介导的细胞转化从而引发白血病。尽管ASB2和RARA等靶基因的m6A修饰水平有所降低，FTO还能抑制全反式维甲酸（ATRA）引起的急性骨髓白血病细胞的分化。
FTO在部分AML亚型中显著上升作者对先前各种AML亚型病人的表达谱芯片数据进行了重新挖掘后发现，MLL重排的AML和t(15;17)型AML中FTO表达量显著上升。对MLL病人的CD34+骨髓细胞（BMCell）进行qPCR验证发现，FTO表达量显著高于普通CD34+细胞。作者还对另一种去甲基化酶ALKBH5进行了分析和qPCR验证，结果发现AML和对照没有差异。
接下来作者对先前已发表2项白血病队列研究（超过人）中的转录组结果进行重分析。结果表明t(11q23)和t(15;17)两种亚型中FTO表达量显著上升。在NK亚型中，当FLT3-ITD和NPM1发生突变时（甚至是同时发生突变），FTO蛋白表达量显著上升。
白血病原癌基因能引起FTO显著上调作者对三种不同亚型的骨髓祖细胞进行了WesternBlot和qPCR验证。结果表明FTO无论是在RNA水平还是蛋白水平都显著上升。接下来作者从首次进行骨髓移植的受体小鼠（已发生MLL融合突变）中采集了骨髓细胞进行分析，结果发现FTO依旧显著上调。值得注意的是二次移植后MLL-AF9融合骨髓细胞中FTO表达量在原有基础上进一步上调。而ALKBH5则差异不显著。FTO过表达导致mRNA整体的m6A修饰水平下调。
为了进一步验证FTO上调是否与MLL重排相关，作者进行了ChIP实验。结果发现，在两种细胞系mono-mac-6（MLL-AF9AML）和KOCL-48（MLL-AF4AML）中，FTO基因的CpG岛附近MLL-C和MLL-N富集程度较高而distalupstreamsite则没有富集。作为常见的activegenemarker之一，h3k79在本次实验中也是显著富集。作为对照，在K细胞（一种人红白血病细胞系）中，FTO基因上的MLL-C、MLL-N和h3k79富集不显著。所以FTO倾向于直接靶向MLL融合。此外，作者在小鼠骨髓细胞中发现，当MLL-ENL-ERtm表达量降低时，FTO表达量也显著降低，而另一种去甲基化酶ALKBH5则没有任何差异。
FTO能够促进细胞增殖/转化并抑制体外凋亡作者在两种发生MLL重排的AML细胞系mono-mac-6和mv4-11中进行了FTO敲低和过表达实验。慢病*转染过表达载体后，FTO能够促进细胞增殖生长、生存周期增加，且mRNA整体m6A水平降低，细胞凋亡减少。FTO敲低后，前面描述的结果呈现相反趋势。此外PML-RARA/t(15;17)和FTL3-ITD/NPM1细胞系中FTO过表达和敲低也表现出相似的结果，但是在K细胞中，FTO过表达和敲低后细胞表型变化不显著。这表明FTO是AML具有原癌作用的基因。
FTO在小鼠模型中能够促进白血病恶化作者将发生MLL-AF9融合突变的骨髓细胞，移植到受体小鼠中。多次重复实验表明，小鼠体内FTO过表达会加速白血病病情恶化，导致小鼠存活时间降低。此外，FTO过表达还会引起小鼠体内c-Kit+干细胞数量增加，mRNA整体的m6A修饰水平下降。相反，FTO敲低的小鼠存活周期有所增加，病情恶化速度减缓。FTO单敲小鼠相对于FTO未敲除的小鼠，mRNA整体m6A修饰水平有所上升，c-Kit+干细胞数量降低。
转录组测序和m6A-seq揭示FTO对靶基因存在负调控作者对FTO过表达的mono-mac-6（MLL-AF9AML）细胞系进行转录组测序和m6A-seq，并用空载体细胞作为对照。与对照的细胞系相比，FTO表达量提高了4~5倍，而m6A修饰水平显著降低。作者使用MACS和exomePeak两款软件鉴定出个m6Apeak有交集。与先前的研究相似，在这个m6Apeak中GGACmotif显著富集。这些m6Apeak大部分都位于外显子上，并且在3’端的终止密码子附近富集程度较高。
接下来作者对m6A-seq中总计多个m6Apeak进行了比较，发现有个m6Apeak显著下降而个m6Apeak显著上升，所以也被称作hypo-methylatedm6Apeak（去甲基化m6A峰）和hyper-methylatedm6Apeak。在个去甲基化转录本中，发现个转录本（超过85%）显著下降而47个转录本显著上调。所以AML细胞系中，这些去甲基化转录本可能就是受到FTO负调控的靶基因。
通过搜寻MSigDB（
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重磅前沿
RNA甲基化修饰（2）——如何检测m6A
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刊登日期：年01月
发表杂志：CancerCell
影响因子：27.4
摘要已知m6A甲基化修饰在哺乳动物的mRNA中普遍存在。近几年关于m6A机制的论文较多，而关于癌症的研究仍然较少。本文对去甲基化酶FTO做了深入的研究。结果表明FTO对急性骨髓白血病（AML）有致癌作用，且显著高表达，加重病情恶化。FTO能够诱发原癌基因介导的细胞转化从而引发白血病。尽管ASB2和RARA等靶基因的m6A修饰水平有所降低，FTO还能抑制全反式维甲酸（ATRA）引起的急性骨髓白血病细胞的分化。
FTO在部分AML亚型中显著上升作者对先前各种AML亚型病人的表达谱芯片数据进行了重新挖掘后发现，MLL重排的AML和t(15;17)型AML中FTO表达量显著上升。对MLL病人的CD34+骨髓细胞（BMCell）进行qPCR验证发现，FTO表达量显著高于普通CD34+细胞。作者还对另一种去甲基化酶ALKBH5进行了分析和qPCR验证，结果发现AML和对照没有差异。
接下来作者对先前已发表2项白血病队列研究（超过人）中的转录组结果进行重分析。结果表明t(11q23)和t(15;17)两种亚型中FTO表达量显著上升。在NK亚型中，当FLT3-ITD和NPM1发生突变时（甚至是同时发生突变），FTO蛋白表达量显著上升。
白血病原癌基因能引起FTO显著上调作者对三种不同亚型的骨髓祖细胞进行了WesternBlot和qPCR验证。结果表明FTO无论是在RNA水平还是蛋白水平都显著上升。接下来作者从首次进行骨髓移植的受体小鼠（已发生MLL融合突变）中采集了骨髓细胞进行分析，结果发现FTO依旧显著上调。值得注意的是二次移植后MLL-AF9融合骨髓细胞中FTO表达量在原有基础上进一步上调。而ALKBH5则差异不显著。FTO过表达导致mRNA整体的m6A修饰水平下调。
为了进一步验证FTO上调是否与MLL重排相关，作者进行了ChIP实验。结果发现，在两种细胞系mono-mac-6（MLL-AF9AML）和KOCL-48（MLL-AF4AML）中，FTO基因的CpG岛附近MLL-C和MLL-N富集程度较高而distalupstreamsite则没有富集。作为常见的activegenemarker之一，h3k79在本次实验中也是显著富集。作为对照，在K细胞（一种人红白血病细胞系）中，FTO基因上的MLL-C、MLL-N和h3k79富集不显著。所以FTO倾向于直接靶向MLL融合。此外，作者在小鼠骨髓细胞中发现，当MLL-ENL-ERtm表达量降低时，FTO表达量也显著降低，而另一种去甲基化酶ALKBH5则没有任何差异。
FTO能够促进细胞增殖/转化并抑制体外凋亡作者在两种发生MLL重排的AML细胞系mono-mac-6和mv4-11中进行了FTO敲低和过表达实验。慢病*转染过表达载体后，FTO能够促进细胞增殖生长、生存周期增加，且mRNA整体m6A水平降低，细胞凋亡减少。FTO敲低后，前面描述的结果呈现相反趋势。此外PML-RARA/t(15;17)和FTL3-ITD/NPM1细胞系中FTO过表达和敲低也表现出相似的结果，但是在K细胞中，FTO过表达和敲低后细胞表型变化不显著。这表明FTO是AML具有原癌作用的基因。
FTO在小鼠模型中能够促进白血病恶化作者将发生MLL-AF9融合突变的骨髓细胞，移植到受体小鼠中。多次重复实验表明，小鼠体内FTO过表达会加速白血病病情恶化，导致小鼠存活时间降低。此外，FTO过表达还会引起小鼠体内c-Kit+干细胞数量增加，mRNA整体的m6A修饰水平下降。相反，FTO敲低的小鼠存活周期有所增加，病情恶化速度减缓。FTO单敲小鼠相对于FTO未敲除的小鼠，mRNA整体m6A修饰水平有所上升，c-Kit+干细胞数量降低。
转录组测序和m6A-seq揭示FTO对靶基因存在负调控作者对FTO过表达的mono-mac-6（MLL-AF9AML）细胞系进行转录组测序和m6A-seq，并用空载体细胞作为对照。与对照的细胞系相比，FTO表达量提高了4~5倍，而m6A修饰水平显著降低。作者使用MACS和exomePeak两款软件鉴定出个m6Apeak有交集。与先前的研究相似，在这个m6Apeak中GGACmotif显著富集。这些m6Apeak大部分都位于外显子上，并且在3’端的终止密码子附近富集程度较高。
接下来作者对m6A-seq中总计多个m6Apeak进行了比较，发现有个m6Apeak显著下降而个m6Apeak显著上升，所以也被称作hypo-methylatedm6Apeak（去甲基化m6A峰）和hyper-methylatedm6Apeak。在个去甲基化转录本中，发现个转录本（超过85%）显著下降而47个转录本显著上调。所以AML细胞系中，这些去甲基化转录本可能就是受到FTO负调控的靶基因。
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