首先，在人类基因组测序之后，对多种蛋白激酶（人类激酶组）进行了全面的分类和注释，并将其细分为若干亚家族，这导致了对激酶组关系的全面理解，并促进了激酶药物发现方式的一个阶段性变化。
第二，由于自动化、微量激酶活性测试方法的进步，激酶谱的测试变得更加便宜。这使药物开发人员能够对抑制剂的主要靶点和脱靶激酶进行常规分析，使选择性不好的先导化合物能够在早期被丢弃，并在随后帮助指导关键系列化合物的选择性改进。广谱激酶抑制剂获得新的临床机会，并且不良反应能够合理解释。
第三，在结构基因组学的推动下，激酶催化结构域的高分辨率结构越来越多，这使得结构化学、计算化学、基于片段的药物设计方法能够常规整合到药物发现中。
第四，在患者中观察到的耐药机制的阐明有助于寻找下一代抑制剂的开发机会和把握临床需求特点。
迄今为止，驱动细胞分裂周期的蛋白激酶如PLK、aurora激酶和一些细胞周期素依赖性激酶，由于无法获得足够的治疗收益，还没有开发出临床有用的抑制剂。对于这些靶点，需要持续的药物化学努力，以开发具有更好耐受性的选择性抑制剂。目前激酶抑制剂领域的另一个重要问题是如何开发穿过血脑屏障的药物：因为随着晚期癌症患者存活时间的延长，脑转移是一个常见的临床问题。平衡和维持药物的所有特性，如效价、选择性以及最佳的血脑屏障通透性，仍然是一个重大的挑战。非癌症激酶抑制剂平滑肌松弛与免疫抑制Rho激酶抑制剂法舒地尔（AT，HA）显示出治疗脑血管痉挛的疗效，年在日本被批准用于此目的，后来在中国被批准，但尚未在美国或欧洲获得批准。法舒地尔是从一类最初被鉴定为钙调素拮抗剂的分子发展而来，后来被发现能抑制AGC亚家族的几种蛋白激酶包括Rho依赖性激酶，这导致肌球蛋白P轻链的磷酸化减少，增加平滑肌松弛，从而扩张血管。雷帕霉素的靶点为FK结合蛋白（FKBP），FKBP-雷帕霉素复合物被证明是TORC1蛋白激酶复合物的有效和特异性抑制剂。雷帕霉素的免疫抑制特性在年被批准作为肾移植受者的免疫抑制剂，后来被用于治疗淋巴管平滑肌瘤病，一种罕见的肺部疾病。炎症和自身免疫性疾病炎症性疾病和自身免疫性疾病，包括关节炎、哮喘、结肠炎、纤维化、系统性红斑狼疮（SLE）、银屑病和败血症等，常常是由免疫系统失调引起炎症介质的过量产生有关。一些蛋白激酶与细胞内细胞因子功能及其产生细胞有关，成为治疗这些疾病的潜在靶点；但由于细胞因子的正常功能在对抗微生物病原体中发挥作用，因此该类抑制剂面临不可接受的感染风险。Janus激酶（JAK）抑制剂托法替尼在年被批准用于治疗中重度类风湿性关节炎，这是第一个在癌症领域之外通过靶向特定蛋白激酶开发的药物，也是第一个50多年来治疗类风湿性关节炎的口服活性药物。托法替尼随后被批准用于治疗银屑病性关节炎、溃疡性结肠炎和青少年特发性关节炎。大约有12种其他的JAKitinibs正在进行临床试验。但tofacitinib治疗增加了微生物感染的风险，尤其是上呼吸道感染的风险，最近，1%的接受治疗的患者增加了静脉血栓栓塞的风险。靶向抑制炎性细胞因子产生的蛋白激酶越来越受到