许多有机酸是在微生物的帮助下制造的，例如乙酸、柠檬酸、乳酸、葡萄糖酸、环孢菌素A、他汀类药物。乙酸是在细菌醋酸醋杆菌的帮助下由发酵酒精产生的。柠檬酸是通过黑曲霉和毛霉属物种在含糖糖浆上进行的发酵获得的。葡萄糖酸是通过黑曲霉和青霉属物种的活性制备的。环孢菌素A是由多孢木霉产生的一种重要的生物活性化学物质。他汀类药物由酵母红曲霉产生。它作为胆固醇合成酶的竞争性抑制剂。因此，它被用作降低血液胆固醇的药物。酶是生物来源的蛋白质物质，其能够催化生化反应而自身不发生任何变化。链激酶（组织纤溶酶原激活剂或TPA）是一种从一些溶血性链球菌培养物中获得的酶。它具有纤维蛋白溶解作用，因此有助于清除血管内的血栓。