一、酶可根据其催化的反应类型予以分类
1.氧化还原酶类:催化氧化还原反应的酶
2.转移酶类:催化底物之间基团转移或交换的酶
3.水解酶类:催化底物发生水解反应的酶
4.裂合酶类:催化从底物移去一个基团并形成双键的反应或其逆反应的酶。
5.异构酶类:催化分子内部基团的位置互变，几何或光学异构体互变，以及醛酮互变的酶
6.连接酶类/合成酶类：催化两种底物形成一种产物并同时偶联有高能键水解和释能的酶
二、每一种酶均有其系统名称和推荐名称
（一）习惯命名法—推荐名称(多用)
1.依催化的底物命名，加尾缀ase、如脂肪酶(Lipase)。
2.依反应类型或方式命名，如转氨酶、脱氢酶。
3.综合上述两个原则命名:如乳酸脱氢酶，谷丙转氨酶等。
4.依上述再加上酶的来源和酶的其它特点:例如胃蛋白酶，碱性磷酸酶。
（二）系统命名法—系统名称
(国际生物化学酶学委员会)以酶催化的整体反应为基础，明确酶的底物及催化反应性质，多个底物时都要写明，用冒号(∶)隔开。每种酶的分类编号均由4组数字组成，数字前冠以EC。
（三）酶的命名举例
三、酶与疾病的发生、诊断及治疗密切相关
（一）许多疾病与酶的质和量的异常相关
1.酶的先天性缺陷是先天性疾病的重要病因之一
2.继发性疾病的发生机制直接或间接地与酶的异常或酶的活性受到抑制相关。同时许多疾病亦可引起酶的异常，这种异常又可加重病情。
(二)酶与疾病的诊断
对血液、尿等体液中某些酶活性的测定，能反映某些器官组织的疾病状况并有助于诊断。
(三)酶与疾病的治疗
许多药物通过抑制酶活性来治疗疾病。
四、酶可作为试剂用于临床检验和科学研究
1.有些酶可作为酶偶联测定法中的指示酶或辅助酶
2.有些酶可作为酶标记测定法中的标记酶
3.许多酶成为基因工程常用的工具酶
五、酶分子工程
1.固定化酶
将水溶性酶经物理/化学方法处理后，成为不溶于水但仍具有酶活性的一种酶的衍生物。固定化酶在催化反应中以固相状态作用于底物，并保持酶的活性。
2.抗体酶
具有催化功能的抗体分子称为抗体酶(abzyme)
3.模拟酶
是根据酶的作用原理，利用有机化学合成方法，人工合成的具有底物结合部位和催化部位的非蛋白质有机化合物。